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Le origini dell'Arciconfraternita risalgono al 13° secolo.
Il più lontano Statuto della Venerabile Arciconfraternita di Misericordia ci dice che questa "trae le sue origini dalla pietà dei fedeli che la fondarono nel 1580 col nome di "Compagnia di Santa Maria della Misericordia", in seno all'antica Compagnia della Disciplina di Santo Ilario".
La compagnia svolse opera benefica e assistenziale fino alla sua soppressione nel 1785 in seguito alla nota riforma ecclesiastica realizzata improvvisamente dal granduca Pietro Leopoldo per suggerimento del Vescovo di Pistoia. Dopo la restaurazione del governo Toscano il Sodalizio fu ricostituito ed in data 22 agosto 1847 ottenne, a domanda, di essere "affiliato" all'Arciconfraternita di Firenze.
In Toscana le prime Confraternite laicali nacquero per la predicazione di S.Antonio da Padova dopo il 1227 e, per quanto riguarda Castelfiorentino, sappiamo che i Frati di San Francesco, stabilitisi nel 1213 nel Convento dei Frati Minori Conventuali, sulla destra dell'Elsa, introdussero il costume di raccogliere i fedeli a cantar laudi e a compiere opere di cristiana carità ed istituirono la "Compagnia della Beata Vergine Maria".
La Compagnia che aveva sede nella chiesa di San Francesco (costruita tra il 1210 ed il 1310) fu sottoposta a riforma ordinata nel 1326 dal Pievano Messer Bianco de' Rossi nella quale si disponeva che le sole donne rimanessero in San Francesco con il nome della Compagnia della B.V.M., mentre gli uomini costituissero un sodalizio dipendente dal Pievano, con il nome di Compagnia di S. Ilario e con sede nella Cappella di S.Ilario che serviva il cimitero che le si estendeva davanti e che era annessa alla Pieve di Santo Ippolito.
La nuova Compagnia di S.Ilario, tutta dedita al culto di Dio e alle opere di carità verso il prossimo era protetta dal Pievano e diretta da un Governatore detto anche "massaio", assistito da quattro capitani ed un cassiere. Essa acquistò grande fama durante la terribile pestilenza del 1348, coloritamente descritta dal Boccaccio, sia per il soccorso che seppe portare agli appestati sia per l'istituzione di un lazzaretto.
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